Hola, que tal.
Bueno, te recomiendo personalmente los siguientes:

1. Hamster Free Video Converter 2.0
· Descarga: http://videoconverter.hamstersoft.com/es/

- Características
· Muy buena conversión a formatos: AVI, FLV, WMV, MP4, MKV, H264, MOV, y más.
· Compatible con la mayoría de Smartphones y Celulares.
· Múltiple conversión a resoluciones en todos los formatos.
· Vista previa e información del fichero.
· Buena calidad de la conversión.
· Ligero, Fácil de Usar e Interfaz muy intuitiva.
· Nota Personal: 9.5 *****

2. Format Factory 2.70
· Descarga: http://format-factory.softonic.com/descargar

Sirve para pasar canciones de un formato a otro, optimizar vídeos para visualizarlos en tu teléfono móvil o PDA e incluso cambiar la extensión o resolución de tus fotos en masa.

- Características
· Buena conversión y compatible con la mayoría de los formatos.
· Plantillas de conversión predefinidas.
· Herramientas de fusión y multiplexado.
· Información sobre archivos multimedia.
· Interfaz poco práctica.
· Nota Personal: 8.5 ****

3. Total Video Converter 3.71
· Descarga: http://total-video-converter.softonic.com/descargar

Es un conversor de vídeo multiformato compatible con los formatos más utilizados y que te permitirá adaptar una película cualquiera a tu dispositivo portátil, consola de videojuegos o reproductor de vídeo.

- Características
· Fácil de usar.
· Perfiles para dispositivos y videoconsolas.
· Soporta la mayoría de formatos
· Vista previa de los vídeos
· Soporte para subtítulos y marcas de agua
· Reproductor y grabador de discos
· Algunas opciones carecen de utilidad
· Menú de complementos algo confuso
· Nota Personal: 8.0 ****

Espero que sea de tu utilidad.
Saludos!

format factory, fácil, muy sencillo y bueno

Format factory es el mejor, te maneja conversión desde cualquier formato a móvil, mp4, avi, 3gp, rmvb, gif, wmb, mkb, mpg, vob, mob, flv y swf, además de permitirte personalizar tu formato de salida. Lo puedes descargar de aquí = http://www.softonic.com/s/format-factory. Espero te sirva la información. Atte. Many.

Freemake Video Converter, gratuito.

Puedes descargar :
http://free-3gp-video-converter.softonic.com/

Lee el escrito que hay en la página de descarga. Según dice es fácil de usar.

Espero te sirva. Saludos

Continuando mi respuesta ... si Taringa te pide loguearte y no tienes cuenta, descarga Hyper Video Converter + tutorial en PDF de aquí http://www.mediafire.com/?p6ey07apm7dl508

Prueba con el conversor de video de Free studio http://www.dvdvideosoft.com/es/products/dvd/Free-3GP-Video-Converter.htm

Te recomiendo la GUI para FFMpeg llamada "Hyper Video Converter". Este programa es un asistente que crea una serie de comandos y se los envía al otro programa (el FFMpeg) para que procese tu video. Lo más fácil es seleccionar en "Profiles" alguna configuración, ya que lo configures seleccionas "Create command" y después "Convert". En la opción "Encoder Settings" generas manualmente el formato:
- Video Codec: se encarga de codificar el video para que ocupe menos espacio en disco, el mejor es h264 o h263
- Container Format: es la estructura del archivo y tiene que ver con la forma en que tu reproductor accesará a los datos, el más universal es mp4
- Audio Codec: se encarga de codificar el sonido para que ocupe menos espacio en disco, el más universal es mp3
- Video Bitrate y Audio Bitrate: Definen la calidad final del video y audio (entre más grande mayor calidad pero más espacio necesario en disco)
- Sample Rate: Influye también en la calidad y sensación de "sonido real", generalmente 22050 es un buen valor que no genera pérdidas audibles.
Te recomiendo usar también el programa SMPlayer para reproducir cualquier formato que hallas creado ya que la mayoría de los reproductores solo "se fijan" en la estructura o "Container Format" y toman por hecho que se utilizaron ciertos códecs.
Importante: Como el FFMpeg es de línea de comandos puede tener problemas con nombres largos de archivo, acentos y ñ´s así que debes renombrar.

Que Formato Necesitas.. xd

Hey!, ¿ningún convertidor de los que se recomiendan aquí les gustó?, ¿Por qué a todo le ponen 'No me gusta'?. Yo sigo insistiendo en usar 'Hyper Video Converter', denle un vistazo a este tutorial para usar este completísimo programa: http://www.taringa.net/posts/downloads/13448947/Convertir-musica-y-videos-con-Hyper-Video-Converter.html#comid-844047
No está aquí en softonic, ojalá softonic considere subirlo y apoyarlo, por lo pronto el instalador de este programa lo puedes descargar de aquí:
http://sourceforge.net/projects/hypervideoconve/
Convertir un video o una canción no es nada de otro mundo ni nada complicado, así te lo quieren hacer creer los programas de paga pues tienen que justificar su elevado precio y los recursos que demandan (procesador / RAM / Disco Duro).