Te cuento: el WLMM, al ser un programa de Microsoft, funciona (como siempre) mejor con sus propios formatos de archivo, osea, con los archivos de video con extension .wmv.

Que podemos hacer al respecto?? Veamos...

*Descargate cualquier tipo de conversor de videos, en mi caso uso aTube Catcher, ya que no solo convierte videos, sino que tiene varias otras funciones. Podes elegir cualquiera de estos:
http://www.softonic.com/s/conversor-de-video

*Convertí tus archivos de video a formato WMV (Windows Media Video)
*Comenzá de nuevo con el WLMM, ahora con tus nuevos archivos convertidos

Avisame si funciona dale?

Marcar que si acá abajo, es una buena forma de agradecer... jeje

Ocupas el códec de audio que utilizan tus videos para que el Movie Maker te lo reconozca es por eso que se pierde el audio. En este caso no hay nada que hacer más que usar otro convertidor o instalar un pack de códecs lo cuál no te recomiendo para nada porque provocan fallos en el sistema.