Hola, primero el ccleaner no limpia 100% a fondo todos los archivos inutiles que crea el sistema, solo los más comunes. En cuanto a los programas, podes hacer una lista de los que tengas instalados en un txt y postearlo como pregunta acá para que te demos una ayuda los que podamos y asi aconsejarte cual desinstalar. Tambien podés ir a inicio, ejecutar, y escribir msconfig, e ir a la parte de inicio de windows y fijarte cuantas cosas se te ejecutan al iniciar el sistema, para chequear que cosas son realmente necesarias dejar.

inicio-panel contrar-agregar y quitat programas,y una vez sabiendo lo k no te interesa la opción Desinstalar. pero con mucho cuidado,ante de desinstalar ,siempre es bueno saber lo k uno hace.

En el explorador de Windows, click derecho en Mi PC y seleccionas Administrrar.
En la ventana de administración seleccionas Discos y almacenamiento. Aparecerá tu disco externo. Le das click derecho y seleccionas Formatear.
Recuerda darle un nombre y una letra de unidad, y tipo de formateo NTFS. Tardará un poco de tiempo, pero es seguro.

Puede ser que estes infectado con un Malware, usa Trend Micro Rubotted http://trend-micro-rubotted.softonic.com/

Se alenta sobre todo por el manejo del CPU (mas que RAM y disco duro), la mayoría de los programas modernos hacen como un "secuestro" de este recurso y no te dejan usarlo. Estamos volviendo a la época del MS-DOS (monotarea) con este tipo de programas no?

recomiendo utilizar advanced system care 4 free lo optimiza todo es genial, tienes siempre el ordenador limpio con el. No lo notas, es genial lo recomiendo, sinceramente.

mira cuando vas a borrar algo importante de windows por lo mregular te avisa antes de borrarlo ok de los demas programas solo revisa uno por uno y ve si te sirve sino pues borralo y antes de descargar algo lee bien en q consiste antes de la descarga ok granapolo

aclara: 50% de que?

Amigo, muchas veces usar tantas herramientas o pocas, pero abusando de ellas ayudan menos de lo que crees. Pero si te presenta un problema, tealiza un formateo y verás que rápido que te va.

pede ser el exeso de programas o algun virus(rookit,malware,spyware,trojan,horse,todo es virus)
o archivos o programas que utilizan recursos y como fatan archivos para funcionar bien como juegos programas afecta el pc te sugiero formatear y reinstalar tu windows! suerte =)