El mejor para mi es FFMPEG, soporta todos los formatos y códecs libres (que son cientos). Es de línea de comandos pero lo puedes usar gráficamente con ayuda de GUI´s (como si fuese un programa 'normal' de windows). Una GUI muy buena es Hyper Video Converter que lo descargas de aquí:

http://sourceforge.net/projects/hypervideoconve/

Hasta ahora no softonic no lo tiene, debería tenerlo.

Aquí tienes un tutorial para utilizar el Hyper Video Converter:

http://www.taringa.net/posts/downloads/13448947/Convertir-musica-y-videos-con-Hyper-Video-Converter.html#comid-844047

Si no tienes cuenta en Taringa, descarga esta captura en PDF del tutorial:

http://www.mediafire.com/?f1md25lfb7spb50

Todos estos programas son libres y gratuitos, necesitan de tu apoyo. ¿Como apoyarlos? Usándolos (obviamente).

Convertir un video no es nada del otro mundo ni tan complicado como te lo hacen creer. SUERTE

total video converter

Para mi el Format Factory

El any video converter para mi ;)