Visio

con un programa de diseño de los muchos que tienes gratis

He visto este en Softonic que quizás te sirva: http://dia.softonic.com/

Creo que es necesario el Photoshop

Para hacer diagramas gratis usa Libreoficce Draw, también podrás exportar de una ves a PDF ya que es una característica integrada en Libreoficce...

eclipse

Desde Word 2007 lo puedes realizar, ve a la pestaña: Insertar, Ubica el grupo Imagenes y después localiza el comando Formas.

Si estás trabajando con algoritmos te recomiendo que utilices el programa RAPTOR, puedes realizar una prueba de tu diagrama o algoritmo antes de Imprimirlo.

Para finalizar; para exportarlos a PDF puedes instalar una impresora Virtual que te imprima en PDF y listo.

Link para el programa RAPTOR: http://raptor.martincarlisle.com/

Puedes usar Bizagi, a continuación pego lo que dice en su sitio:
Bizagi Process Modeler es una aplicación Freeware que usted puede descargar desde internet y utilizar en su computador. Es muy fácil de usar y en cuestión de minutos usted podrá empezar a diagramar procesos y generar documentación de procesos utilizando la notación estándar BPMN. Con la más reciente versión usted puede además colaborar con otras personas de su organización en la nube o en sitio.
la dirección: http://www.bizagi.com/index.php?option=com_content&view=article&id=95&Itemid=107&lang=es
Luego que hagas los diagramas, además de guardarlo en la extensión propia del programa, puedes exportarlo a PDF.
Espero te sirva. Luego nos cuentas.
Saludos-Guillermo.

Rotundamente, SÍ: PDFCreator, y no te compliques la vida buscando por ahí. ;-) Saludos.