PHP no puede ser leído como HTML, necesita de un servidor, necesitas un programa como EasyPHP que es un 3 en 1 y puedes ejecutar el código directamente desde tu máquina.

Puedes subirlos mediante php, como las páginas html. Pero como dice Santek, comprueba que tu servidor las lea.

http://www.forosdelweb.com/f18/como-subir-archivos-php-752865/

http://blog.unijimpe.net/upload-de-archivos-con-php/

Saludos

No es una pregunta trivial, y tiene muchos matices.

¿Quieres seleccionar un fichero en una web y subirlo a un servidor?
¿Ya tienes los ficheros en un servidor y quieres subirlos a otra ubicación?
¿Partes del conocimiento de saber crear el formulario HTML para seleccionar un fichero?

Es importante proveer de detalles en las preguntas para encontrar la respuesta que más te satisfaga.

Aquí va una de las posibles interpretaciones:

Asumiendo que tienes PHP funcionando en tu servidor y sabes cómo crear un script y un formulario HTML para seleccionar un fichero de tu ordenador, deberás hacer uso de la función PHP:

move_uploaded_file
http://es2.php.net/manual/en/function.move-uploaded-file.php

Existen distintos tutoriales en internet donde ver paso a paso cómo hacer esto. En función de tu situación, este es corto y rápido
http://www.desarrolloweb.com/articulos/1307.php

Los archivos en php los puedes subir a cualquier servidor. A que te refieres en concreto?