En panel de control > centro de seguridad (el nombre variará según el SO que utilices:

http://windows.microsoft.com/es-ES/windows-vista/Using-Windows-Security-Center

;)

Depende cuales sean, si son para actualizar el antivirus o ver si windows es original puede alcanzar con ir a tarear programadas y desactivar la opcion, si se trata del antivirus hay algunos que chillan por cualquier cosa a cada momento y sin razon verdadera, en ese caso lo mejor es usar un antivirus que solo moleste por cosas importantes y ese para mi es el NOD, ya para actualizaciones automaticas lo mejor seria inactivar desde servicios las actualizaciones automaticas, hay que ver cual es el aviso en cuestion

http://www.cristalab.com/tutoriales/desactivar-mensaje-de-alerta-de-seguridad-en-windows-c45248l/

Saludos

depende, que os es?