cuando formateas creas particiones y en la particion que esta instalado el sistema operativo "windows" esa es la particion esto es por defecto xq sino fuera asi no arrancaria el S.O
XD

Mira arranca por defecto el C,o donde haigas instalado windows,pero puedes modificar el modo de arranque,para que inicia en otra particion o desde un CD,lo que tienes que hacer es botear en el BIOS,te vas a la segunda opcion(ya no recuerdo muy bien)y modificas el arranque,si quieres que inice con F,C,D etc,,este es la ruta donde quieres iniciar,ovbio que no va a arrancar en particiones donde no tengas algun sitema operativo,lo mismo con CD,,,SUERTE¡¡¡ Nota:Recuerda que no todos lo BIOS son iguales,y no vallas amover algo que no estes seguro de hacer :)