NOD32 permite la desinfección de archivos siempre y cuando no sea una infección severa (el mismo programa te indica es es posible desinfectar o no) y me parece que AVG Free 2012 también ofrece esa función. Microsoft Security Essentials es un ejemplo de los antivirus que no ofrecen esta características.

No siempre es posible desinfectar los archivos, todo depende del tipo de virus y de como se integre en el fichero infectado.

Algunos virus añaden texto (código)al principo, al final o en un lugar determinado del mismo. En tal caso es posible desinfectar eliminando ese texto.

Pero otro lo que hacen es sustituir código por el código de ellos, encriptan el código o un largo etc que hace imposible recuperar el código original del archivo. En ese caso, el antivirus, para evitar problemas futuros, borra directamente el archivo.

Así pues, el problema no es el antivirus sino el tipo de virus que te infectó.

Si el archivo es en sí un virus no puedes hacer nada, si el archivo "contiene" un virus se puede desinfectar pero el problema es que puede quedar inutilizable, además el antivirus debería poder identificar millones de tipos de archivo para no dañar su estructura (lo cuál es imposible). En el caso de instaladores puedes extraer su contenido con herramientas especiales como Universal Extractor y escanear los archivos extraídos para eliminar solo el que cause problema.