Se llama formatear por que lo que hace es precisamente darle un formato a la manera en cómo son almacenados los archivos (Tabla Maestra de Archivos), los formatos más comunes son FAT32 y NTFS, para memorias es mejor FAT32 ya que soporta vacunas (evita contagio de virus automático) y es más común. El mismo Windows puede formatear tus memorias sin ningún problema (clic derecho sobre el icono de la pendrive, Formatear, Iniciar), lo que sí obviamente perderás los datos almacenados en la memoria, también al formatear y reinsertar los archivos eliminas la fragmentación de los mismos que hará que transifera datos más rápido.

No soy un experto, pero tengo cierta experiencia con esto de formatear los PenDrive, te cuento que el sistema de formateo esta diseñado para realizar esta operacion en discos y los pendrivers son memorias flash (Chip ram), por tanto no deberíamos aplicar esta opción, pero si realmente quieres formatear, te recomiendo que uses un programa que formatee el dispositivo a muy bajo nivel, te recomendaría uno que yo uso, pero creo que no seria nada ético ya que el mi es ilegal(no lo compre, lo descargue crakeado)

no es la mejor opcio pero si la necesidad lo exige tendras que formar al formato ntfs y no te admitirà vacuna u otras revisiones importantes de seguridad y no te funcionaran muy bien los programas portables y existe el risgo de que se borren repentinamente los archivos

El “Windows 7” está preparado para formatear un “Pendriver” de forma correcta. Si usas la memoria en “PC’s” que tengan “Windows 7” es recomendable formatearlos con “exFAT” que es un sistema de archivos especial para estos dispositivos. (“Windows Vista SP1” puede leer este formato. “Windows XP SP2 – SP3” necesita la actualización KB955704)